Bea Cukai Halmahera Selatan merupakan bagian dari sistem pengawasan dan pelayanan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai yang wilayah operasinya berada di bawah Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea dan Cukai (KPPBC) Tipe Madya Pabean C Ternate. Meskipun belum memiliki kantor mandiri di kabupaten Halmahera Selatan, fungsi dan pelayanannya dijalankan oleh tim Bea Cukai Ternate dengan pengawasan langsung terhadap aktivitas ekspor, impor, dan peredaran barang kena cukai di wilayah tersebut.
Tugas utama Bea Cukai Halmahera Selatan mencakup pengawasan lalu lintas barang di pelabuhan laut, jalur ekspor-impor, dan distribusi barang kena cukai. Selain itu, Bea Cukai juga berperan penting dalam mendukung program-program nasional terkait percepatan ekspor, kemudahan berusaha, dan peningkatan penerimaan negara dari sektor kepabeanan dan cukai.
Salah satu kontribusi terbesar dari Bea Cukai Halmahera Selatan adalah pada sektor ekspor hasil tambang. Halmahera Selatan menjadi salah satu daerah penghasil nikel yang mendukung industri smelter dan hilirisasi baterai kendaraan listrik. Pada pertengahan 2021, ekspor perdana dari pabrik smelter HPAL (High Pressure Acid Leach) yang beroperasi di Pulau Obi, Halmahera Selatan, diawasi langsung oleh Bea Cukai. Ekspor ini menandai dimulainya arus nikel sulfat keluar negeri dari kawasan industri Obi yang merupakan proyek strategis nasional. Sejak itu, aktivitas ekspor dari wilayah ini terus tumbuh dan menjadi penyumbang terbesar penerimaan negara dari sektor ekspor di Provinsi Maluku Utara.
Bea Cukai Halmahera Selatan juga memiliki komitmen terhadap aspek sosial dan lingkungan. Salah satu kegiatannya adalah aksi bersih-bersih pantai di wilayah pesisir Pulau Makeang. Kegiatan tersebut merupakan bagian dari pengabdian masyarakat yang dilakukan bersama para akademisi dan pemangku kepentingan lokal untuk membangun kesadaran akan pentingnya menjaga ekosistem laut dan pantai di sekitar kawasan industri.
Dalam bidang penindakan, Bea Cukai Halmahera Selatan bekerja sama dengan instansi lain seperti Kepolisian dan TNI dalam operasi pemberantasan peredaran rokok ilegal dan pengawasan terhadap barang-barang terlarang seperti narkotika, senjata api, serta barang kena cukai tanpa izin. Operasi pengawasan dilakukan secara rutin untuk memastikan peredaran barang-barang yang tidak memenuhi ketentuan tidak masuk ke wilayah Halmahera Selatan.
Pelayanan publik yang diberikan Bea Cukai Halmahera Selatan juga telah memanfaatkan sistem digital terintegrasi, seperti CEISA (Customs Excise Information System and Automation) yang memungkinkan pengajuan dokumen secara daring, pemantauan status pengiriman barang, serta proses administrasi yang lebih transparan dan efisien. Hal ini membantu mempercepat pelayanan sekaligus mengurangi risiko pungutan liar.
Dalam menjalankan tugasnya, Bea Cukai Halmahera Selatan juga bersinergi dengan berbagai instansi seperti Dinas Perindustrian dan Perdagangan, Karantina, Imigrasi, dan Pemerintah Daerah. Kolaborasi ini penting untuk mendukung kelancaran aktivitas logistik serta mempercepat proses ekspor-impor di pelabuhan-pelabuhan Halmahera Selatan.
Dengan pengawasan yang komprehensif, pelayanan digital, keterlibatan sosial, dan kontribusi ekonomi melalui sektor tambang, Bea Cukai Halmahera Selatan telah menjadi garda terdepan dalam memastikan lalu lintas barang yang aman, efisien, dan mendukung pertumbuhan ekonomi daerah secara berkelanjutan.